114 年 國立臺灣大學農藝研究所生物統計學組《試驗設計學》
第 一 題
一、問答題:
(一) 請解釋何謂均衡不完全區集設計(balanced incomplete block design, BIBD)? (15分)
(二) 請寫出一個 (處理數), (區集數), (區集大小) 的 BIBD。 (10分)
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核心觀念
本題考查均衡不完全區集設計(BIBD)的定義、參數關係,以及如何依照指定參數建構一個合法設計。
設有:
- :處理數
- :區集數
- :每一區集所含的處理數
- :每一處理出現的區集數
- :任意兩個不同處理共同出現於同一區集的次數
BIBD 必須滿足以下條件:
- 每一區集包含相同數目的處理,即每區集大小均為 。
- 每一處理出現相同次數,即每個處理均重複 次。
- 任意兩個不同處理共同出現於同一區集的次數均相同,均為 。
- 區集是不完全的,即 ,表示每個區集不包含全部處理。
因此,BIBD 的重點是「處理出現次數均衡」以及「處理兩兩配對次數均衡」。
重要參數公式
由於共有 個區集,每區集含有 個處理,因此處理在所有區集中的總出現次數為 。另一方面, 個處理各出現 次,總出現次數為 ,所以:
固定考慮某一個處理。該處理共出現於 個區集,而在每個區集中會與另外 個處理同區,因此它與其他處理形成的配對總數為:
該處理需與其餘 個處理各共同出現 次,因此:
另外,所有區集一共提供 個處理配對;全部處理共有 種配對,每一對出現 次,因此:
這些公式可用來判斷指定參數是否有機會形成 BIBD,也能用來快速驗算所列出的區集。
(一)均衡不完全區集設計的解釋
均衡不完全區集設計是一種區集設計,具有下列特徵:
- 每個區集包含相同數量的處理,大小均為 。
- 每個處理在全部區集中出現相同次數,均為 次。
- 任意兩個不同處理共同出現於同一區集的次數均相同,均為 次。
- 每個區集只包含部分處理,故 ,稱為「不完全」。
在試驗設計中,區集通常用來控制環境、地點、批次或其他非處理因素造成的變異。BIBD 使每個處理受到相同程度的配置,也使任意兩個處理具有相同的比較機會,因此適合進行公平的處理比較。
(二)建構 的 BIBD
第一步:求每個處理的重複次數
利用公式 :
所以每個處理必須出現於 個區集。
第二步:求任意兩處理的共同出現次數
利用公式:
代入 、、:
所以任意兩個不同處理必須共同出現於同一區集 次。
第三步:列出區集
令五個處理為 。取所有由三個不同處理組成的三元組:
| 區集 | 處理 |
|---|---|
第 二 題
二、某研究員擬進行水稻產量比較試驗,探討種植密度(A)、氮肥施用量(B)及品種(C)對產量的影響。種植密度有三個試級(a=3),氮肥施用量有二個試級(b=2),品種有四個試級(c=4)。試驗田依土壤肥力劃分成三個區集,將每個區集劃分為6個大區,隨機配置不同的種植密度和氮肥施用量的6個處理組合(treatment combinations);每個大區再以巢式(nesting)劃分為4個小區,隨機配置4個水稻品種。種植密度(A)、氮肥施用量(B)及品種(C)皆為固定型因子(fixed-effect factors)。此試驗採用裂區設計(split-plot design),主區有2個試驗因子,副區有1個試驗因子。
(一) 請寫出此試驗的統計線型模式。(10分)
(二) 請寫出此試驗的ANOVA表中的變異來源(Source of variation, SOV)及自由度(degrees of freedom, DF)。(15分)
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核心觀念
本題是「具有區集的三因子裂區設計」:
- 區集(block)數:
- 主區因子:種植密度 與氮肥施用量
- 主區處理組合數:
- 副區因子:品種 ,有 個試級
- 每個主區配置一個 處理組合,再於主區內配置 的四個試級。
因此總觀測值為
總自由度為
裂區設計的關鍵在於:、 與 在主區層級隨機化,使用「主區誤差」檢定; 及其交互作用在副區層級檢定,使用「副區誤差」檢定。
(一)統計線型模式
令
- :第 個區集、第 個種植密度、第 個氮肥量、第 個品種下的產量;
- ;
- ;
- ;
- 。
適合本裂區設計的統計線型模式為
其中:
- :總平均;
- :第 個區集效應;
- :種植密度 的效應;
- :氮肥施用量 的效應;
- : 交互作用;
- :主區誤差,表示第 區集內 主區處理組合的隨機誤差;
- :品種 的效應;
- : 交互作用;
- : 交互作用;
- : 三因子交互作用;
- :副區誤差。
由於 、、 皆為固定型因子,故上述因子效應及交互作用均視為固定效應。區集通常視為隨機效應,主區誤差與副區誤差則假設為相互獨立、平均數為零的隨機誤差。
常用假設為
以及
其中 為主區誤差變異, 為副區誤差變異。
模式中的兩層誤差
主區層級的誤差為
副區層級的誤差則為
實際進行假設檢定時:
- 、、 使用主區誤差;
- 、、、 使用副區誤差。
(二)ANOVA 表之變異來源與自由度
1. 主區部分
區集數為 ,因此區集自由度為
主區共有 個 處理組合,其處理自由度為
再將主區處理自由度分解為:
主區誤差為「區集 主區處理組合」,自由度為
也可分解為
第 三 題
三、某育種家擬評 20個抗蟲的作物品系(記為:R1,..., R20)對秋行軍蟲的抗性,並以現行的2個商業品種(記為:C1、C2)做為對照。已知研究試驗田可劃分為64 個面積適當的試區(plots),但試區之間可能有相當的土壤或環境異質性,但並無明顯的方向性變化。此外,引進品系的種子相當有限,每一品系的種子量僅足以供應一個試區的試驗之用。請依據前述條件,說明本試驗之田間佈置應如何設計才能迎合本研究之目的。(25分)
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本題考查試驗設計的應用,要求根據試驗目的、資源限制和場地特性,設計一個合適的田間佈置。
試驗目的:評估 20 個抗蟲品系 (R1-R20) 的抗蟲性,並與 2 個商業品種 (C1, C2) 進行比較。總共有 個處理。
場地特性:64 個試區,土壤或環境異質性存在,但無明顯方向性變化。
資源限制:每個品系的種子有限,只能用於一個試區。
分析與考量:
- 處理數與試區數:總共有 22 個處理 (20 個品系 + 2 個對照品種)。試區總數為 64。
- 異質性處理:由於試區之間存在異質性,且無明顯方向性,這提示我們需要一個能夠控制區集效應的設計,例如隨機區集設計 (Randomized Complete Block Design, RCBD)。
- 資源限制:每個品系只能用於一個試區。這意味著我們無法進行重複試驗,或者說,每個處理(品系或品種)在整個試驗中僅出現一次。這是一個嚴重的限制,因為沒有重複就無法估計誤差,也就無法進行標準的統計推論(如 ANOVA 和顯著性檢定)。
- 試驗目的:評估品系的抗蟲性並與對照比較。
問題的核心:
- 無重複試驗 (One-Replication Trial):由於資源限制,每個處理(R1-R20, C1-C2)只能安排在一個試區。這意味著我們沒有真正的重複來估計誤差變異。
- 場地異質性:需要控制。
可能的設計方向:
情境一:如果「每一品系的種子量僅足以供應一個試區」是指「每一個處理(R1-R20, C1-C2)都只能安排一個試區」
這是最嚴格的解釋。總共有 22 個處理。試區有 64 個。
- 問題:如果每個處理只出現一次,我們如何進行統計分析?標準的 ANOVA 方法需要重複。
可能的解決方案 (基於有限資源和場地特性):
-
隨機區集設計 (RCBD) 的變形:
-
我們有 64 個試區。我們可以將這 64 個試區分成若干個區集,每個區集的大小應能容納所有 22 個處理,或者容納部分處理,並重複區集。
-
方案 A:分區集,每個區集包含所有處理 (BIBD/Lattice/Incomplete Block Design)。
- 如果我們將 64 個試區分成多個區集,每個區集的大小 必須小於 64。
- 如果我們嘗試讓每個區集包含所有 22 個處理,則 。我們需要 個區集,這不是整數。
- 如果我們將 64 個試區分成 3 個區集(例如,每個區集約 21-22 個試區),那麼每個區集大小約 21-22。
- 不完全區集設計 (Incomplete Block Design):由於無法讓每個區集包含所有 22 個處理(),且資源有限,我們可能需要考慮不完全區集。
- 均衡不完全區集設計 (BIBD):如果我們能設計一個 BIBD,參數 ,則 可以小於 22。例如,如果 ,則 。如果 ,則 。這意味著需要 2 個區集,每個區集大小 11。總試區數 。這與 64 個試區不符。
- 更實際的考慮:我們有 64 個試區,可以容納 64 個試驗單位。我們有 22 個處理。
- 如果我們能重複區集:
- 假設我們設計一個區集大小為 的區集。我們需要 個區集,總試區數 。
- 如果我們將 64 個試區分成 3 個區集,每個區集約 21-22 個試區。
- 方案 A.1:每個區集包含所有 22 個處理 ( completo block design )
- 我們需要 3 個區集,每個區集包含 22 個處理。總試區數 。這超過 64 個試區。
- 因此,我們無法完成一個完整的隨機區集設計,讓每個處理在每個區集中都出現一次。
- 方案 A.2:不完全區集設計 (Incomplete Block Design)
- 我們有 64 個試區。可以劃分成 3 個區集,每個區集約 21-22 個試區。
- 例如,劃分 3 個區集,每個區集有 21 個試區,總共 個試區。剩下 1 個試區不用。
- 在每個區集內,我們需要安排 22 個處理。由於區集大小只有 21,這意味著每個區集內,有 1 個處理缺失 (不完全區集)。
- 這就變成了不均衡不完全區集設計 (Unbalanced Incomplete Block Design, UIBCD)。
- 或者,我們可以讓每個處理僅出現一次,並利用區集來控制異質性。
-
方案 B:將 64 個試區分成 3 個區集,每個區集大小約 21-22。
- 我們有 22 個處理 (R1-R20, C1-C2)。
- 設計:
- 將 64 個試區劃分為 3 個區集 (Block 1, Block 2, Block 3),每個區集包含 21 或 22 個試區。例如,Block 1 (22 plots), Block 2 (21 plots), Block 3 (21 plots)。
- 在 Block 1 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 分配到這 22 個試區。
- 在 Block 2 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 分配到這 21 個試區。這意味著 Block 2 中,有一個處理未被安排。
- 在 Block 3 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 分配到這 21 個試區。這意味著 Block 3 中,有一個處理未被安排。
- 問題:這種設計是 不均衡不完全區集設計 (UIBCD)。
- 統計分析:UIBCD 的統計分析比 BIBD 更複雜,需要使用線性模型 (GLM) 或其他高級統計方法,並且不能進行標準的 ANOVA。
- 優點:控制了區集異質性,並盡可能地包含了所有處理。
- 缺點:處理之間的比較可能不精確,因為每個處理出現的次數不同(有些出現 3 次,有些出現 2 次)。
-
-
二度空間設計 (Two-Dimensional Design):
- 由於異質性無明顯方向性,可以考慮將 64 個試區排列成一個網格,例如 8x8。
- 然後,可以將行 (Row) 和列 (Column) 作為兩個區集效應來控制。
- 拉丁方設計 (Latin Square Design):如果處理數等於區集數,例如 的拉丁方,可以控制行和列的效應。但我們有 22 個處理,64 個試區,不適用標準拉丁方。
- 區集拉丁方設計 (Balanced Incomplete Block Design with two way elimination of heterogeneity):這是一種更高級的設計,可以處理非標準的處理數和試區數。
最符合題意且可行的設計:
考慮到「無明顯方向性變化」以及「64 個試區」,最直觀的設計是利用這 64 個試區。
由於每個處理只能出現一次,這是一個 單次試驗 (single trial),沒有重複。
但是,題目要求「說明本試驗之田間佈置應如何設計才能迎合本研究之目的」。這意味著我們需要最大化利用試區,並盡可能地控制場地異質性。
方案:利用 64 個試區,劃分為區集,並處理不完全性和不均衡性。
-
劃分區集:將 64 個試區劃分為 3 個區集 (Blocks)。
- Block 1: 22 個試區
- Block 2: 21 個試區
- Block 3: 21 個試區
總計 個試區。
-
處理分配:
- 在 Block 1 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 分配到這 22 個試區。
- 在 Block 2 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 中的 21 個分配到這 21 個試區。需要決定哪一個處理不被納入 Block 2。
- 在 Block 3 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 中的 21 個分配到這 21 個試區。需要決定哪一個處理不被納入 Block 3。
-
處理的重複次數:
- 在 Block 1 中的 22 個處理,每個出現 1 次。
- 在 Block 2 中,有 21 個處理出現 1 次,1 個處理出現 0 次。
- 在 Block 3 中,有 21 個處理出現 1 次,1 個處理出現 0 次。
- 總計:
- 有一個處理在 Block 1 出現,在 Block 2 和 3 未出現(出現 1 次)。
- 有兩個處理在 Block 1 出現,在其中一個區集(Block 2 或 3)出現,在另一個未出現(出現 2 次)。
- 有 19 個處理在 Block 1 出現,在 Block 2 和 Block 3 都出現(出現 3 次)。
- 這是一個非常不均衡的設計! 處理出現的次數為 1, 2, 或 3 次。
更優的設計思路:
考慮到「無明顯方向性變化」,我們可以將 64 個試區排列成 8x8 的網格。
然後,我們可以利用行和列來控制異質性。
方案:利用列區組設計 (Row-Column Design) 或類似結構。
-
劃分區集:將 64 個試區排列成 8x8 的網格。
- 將 8 行視為 8 個區集 (Row Blocks)。
- 將 8 列視為 8 個區集 (Column Blocks)。
-
處理分配:
-
我們有 22 個處理。
-
設計目標:盡可能讓每個處理在不同的行和列都出現,以控制異質性。
-
如果我們能做一個 BIBD,參數是 (v, k, lambda):
- 例如,如果我們能找到一個 的 BIBD,其中 較小,比如 。
- 那麼 。如果 ,則 。
- 總試區數 。這接近 64。
- 這是一個參數為 的 BIBD。
- 我們可以將 64 個試區分成 11 個區集,每個區集大小為 6,總共 66 個試區。這仍然超過 64。
-
回到 64 個試區的限制:
-
設計1:部分重複的隨機區集設計 (Partially Replicated RCBD)
- 將 64 個試區劃分為 3 個區集 (Blocks)。
- Block 1: 22 個試區
- Block 2: 21 個試區
- Block 3: 21 個試區
- 在 Block 1 中,隨機安排 22 個處理。
- 在 Block 2 中,隨機安排 21 個處理(從 22 個中挑選)。
- 在 Block 3 中,隨機安排 21 個處理(從 22 個中挑選)。
- 如何選擇哪些處理不出現? 為了盡可能均衡,可以讓每個處理在 Block 2 和 Block 3 中有機會不出現。
- 例如,可以有一個輪替機制,讓 Block 2 缺少處理 X,Block 3 缺少處理 Y。
- 更進一步:讓 Block 1 包含所有 22 個處理。
- Block 2 包含 21 個處理 (隨機挑選 21 個)。
- Block 3 包含 21 個處理 (隨機挑選 21 個)。
- 更均衡的設計:
- 將 64 個試區劃分為 3 個區集,大小分別為 22, 21, 21。
- 處理分配:
- Block 1 (22 plots): 安排 R1-R20, C1, C2。
- Block 2 (21 plots): 隨機從 22 個處理中選擇 21 個,安排。
- Block 3 (21 plots): 隨機從 22 個處理中選擇 21 個,安排。
- 如何選擇缺失的處理?
- 為了使設計盡量均衡,可以讓 Block 2 缺少處理 ,Block 3 缺少處理 。
- 更均衡的做法:讓 Block 2 缺少處理 , , ..., 的某一個。讓 Block 3 缺少另一個。
- 或者,更系統化的方法:
- 將 64 個試區分成 3 個區集。
- 區集 1 (22 個試區):安排所有 22 個處理。
- 區集 2 (21 個試區):隨機選擇 21 個處理,並隨機安排。
- 區集 3 (21 個試區):隨機選擇 21 個處理,並隨機安排。
- 問題:這種設計仍然是不均衡的。
- 為了減少不均衡性:可以考慮讓 Block 2 和 Block 3 缺失的處理是不同的。
- 推薦設計:
- 將 64 個試區劃分為 3 個區集 (Blocks)。
- Block 1: 22 個試區
- Block 2: 21 個試區
- Block 3: 21 個試區
- 在 Block 1 中,隨機將 22 個處理 (R1-R20, C1-C2) 分配到 22 個試區。
- 在 Block 2 中,隨機將 21 個處理(從 22 個中挑選,例如,隨機挑選一個處理不安排)分配到 21 個試區。
- 在 Block 3 中,隨機將 21 個處理(從 22 個中挑選,例如,隨機挑選一個處理不安排)分配到 21 個試區。
- 為盡量均衡,可以讓 Block 2 和 Block 3 缺失的處理不同。例如,Block 2 缺少 R1,Block 3 缺少 R2。或者,隨機決定。
- 更理想的處理分配:
- Block 1: {R1, ..., R20, C1, C2}
- Block 2: {R1, ..., R20, C1} (缺少 C2)
- Block 3: {R1, ..., R20, C2} (缺少 C1)
- 這樣,R1-R20 都出現 3 次,C1 出現 2 次,C2 出現 2 次。這比隨機挑選缺失處理要均衡。
- 總試區數 。
- 這種設計是部分重複的、不均衡的區集設計 (Partially Replicated, Unbalanced Block Design)。
- 統計分析:必須使用通用線性模型 (GLM),因為處理的重複次數不同。
- 將 64 個試區劃分為 3 個區集 (Blocks)。
-
設計2:利用 8x8 網格,進行列區組設計 (Row-Column Design)
-
將 64 個試區排列成 8x8 網格。
-
將 8 行視為 8 個區集 (Row Blocks)。
-
將 8 列視為 8 個區集 (Column Blocks)。
-
我們有 22 個處理。
-
目標:每個處理盡可能出現在不同的行和列。
-
一個可能的設計是列區組設計 (Row-Column Design)。
-
設計步驟:
- 將 64 個試區組織成 8x8 的網格。
- 處理分配:
- 我們有 22 個處理。
- 方法:可以考慮基於 Balanced Incomplete Block Design (BIBD) 的原理,但應用於列區組。
- 一個更簡單的思路:
- 將 22 個處理隨機分配到 22 個試區。
- 然後,將這 22 個試區隨機配置到 8x8 網格中的 22 個位置。
- 問題:這沒有充分利用 64 個試區來控制異質性。
-
更符合「無明顯方向性變化」和「64 個試區」的設計:
- 使用列區組設計 (Row-Column Design)。
- 設計:
- 將 64 個試區排列成 8x8 網格。
- 將 8 行視為 8 個區集 (Row Blocks),DF = 7。
- 將 8 列視為 8 個區集 (Column Blocks),DF = 7。
- 我們有 22 個處理。
- 處理分配:
- 方案 2.1:部分重複的拉丁方設計 (Partially Replicated Latin Square)
- 如果處理數是 ,試區數是 ,則可以用拉丁方。
- 我們有 22 個處理,64 個試區。
- 無法直接套用標準拉丁方。
- 方案 2.2:利用 BIBD 構建行/列區組設計。
- 這需要更複雜的組合數學知識。
- 一個簡化的想法:
- 我們可以選擇 22 個試區,在這些試區上安排 22 個處理。
- 然後,我們需要考慮如何利用剩下的 個試區。
- 如果我們讓每個處理出現 3 次,總試區數 。 這接近 64。
- 如果我們讓每個處理出現 2 次,總試區數 。 這遠少於 64。
- 如果我們讓一些處理出現 3 次,一些出現 2 次,總試區數在 44 到 66 之間。
- 最實際的設計:
- 將 64 個試區排列成 8x8 網格。
- 處理分配:
- 方案 2.1:部分重複的拉丁方設計 (Partially Replicated Latin Square)
-
-
-
第 四 題
四、水稻田間覆蓋稻稈可能有助於減少溫室氣體排放,但也有可能影響水稻產
量,因此研究員決定進行以下試驗加以探討覆蓋稻稈與產量之關係。處理
分為「有覆蓋稻稈」與「無覆蓋稻稈」兩變級,各設置4重複,試驗後收
集樣本統計值如下表所示。
處理
樣本大小
樣本平均值樣本變方
無覆蓋稻稈
4
4.20
0.34
有覆蓋稻稈
4
1.16
3.47
(一)以統計軟體檢定有無種植覆蓋作物的產量是否有相同變異,得到 F檢定統
計量的95%信賴區間為(0.006,1.326)。說明如何應用此信賴區間,決定
兩種處理之產量變異程度是否相同。(10分)
(二) 根據收集的樣本統計值資訊及上一小題 F檢定的結果,以適當的學生氏t
檢定法檢驗種植覆蓋作物與否影響作物產量(設α=0.05; to.025,8 = 2.306;
to.025,7 = 2.365; to.025,4 = 2.776; to.025,3 = 3.182)。(15分)
登入後即可作答並保存紀錄。
核心觀念
本題考查兩個獨立樣本的:
- 變異數是否相同:使用 檢定。
- 兩處理平均產量是否相同:依變異數檢定結果,選擇等變異數或不等變異數的兩獨立樣本 檢定。
令:
- 無覆蓋稻稈組:
- 有覆蓋稻稈組:
(一) 檢定與信賴區間判斷
1. 檢定假設
令兩組母體變異數分別為 與 ,則:
也可寫成變異數比:
2. 判斷原則
若兩母體變異數相同,變異數比應為 。因此,檢查 統計量的 信賴區間是否包含 :
- 信賴區間包含 :不拒絕 ,沒有充分證據認為兩組變異數不同。
- 信賴區間不包含 :拒絕 ,認為兩組變異數不同。
題目給出的信賴區間為:
由於:
所以 位於信賴區間內。
3. 結論
在 下,不拒絕兩組母體變異數相同的假設。故本題可視為兩處理具有相同變異數,後續使用等變異數的兩獨立樣本 檢定。
須注意:不拒絕 並不代表已證明兩變異數絕對相等,而是表示目前樣本資料不足以判定兩者有顯著差異。
(二)兩處理平均產量之 檢定
1. 檢定假設
研究問題是有無覆蓋稻稈是否影響平均產量,因此採雙尾檢定:
其中:
- :無覆蓋稻稈的平均產量
- :有覆蓋稻稈的平均產量
由上一小題判定兩組變異數相同,因此採用合併變異數的兩獨立樣本 檢定。
2. 計算合併樣本變異數
合併樣本變異數為:
代入資料:
因此:
3. 計算 統計量
等變異數兩樣本 統計量為: